En 1597, un ladrón arrepentido buscó la confesión en la iglesia de los Jesuitas de Alcalá. Declaró que formaba parte de una banda de moros. Vivían refugiados en los montes y se dedicaban a saquear iglesias y robar custodias y objetos sagrados en los pueblos, convirtiéndose así en verdaderos sacrílegos. El arrepentido llevaba consigo algunas Hostias consagradas para devolverlas entre lágrimas al confesor. El sacerdote, conmovido, se dirigió inmediatamente al superior para informar lo sucedido.

Al inicio, se decidió que las Hostias serían consumadas durante una Misa; pero luego, temiendo que las Hostias fueran envenenadas, como ya había sucedido poco tiempo atrás en Murcia y Segovia, se pensó en conservarlas en un cofre de plata y esperar que se descompusieran naturalmente.

Once años después, las veinticuatro Partículas fueron encontradas intactas. El padre Luis de la Palma, hombre de gran virtud, siendo el Provincial, ordenó que las Hostias fuesen trasladadas a un sótano, junto con algunas hostias no consagradas.

Meses después, las hostias no consagradas se descompusieron por la humedad; en cambio, las que eran consagradas permanecieron íntegras.

Sólo luego de seis años, el padre de la Palma decidió hacer público el Milagro de las Hostias que se habían conservado intactas.

Mientras tanto, se añadieron otros exámenes por parte del catedrático y médico personal del rey, García Carrera; como también las intervenciones de teólogos ilustres que consideraron la integridad de las Hostias como un verdadero Milagro.

En 1619 las autoridades eclesiásticas otorgaron el permiso oficial para su culto. Las Santas Hostias fueron adoradas públicamente por el mismo rey Felipe III, quien en 1620 presidió una solemne procesión, acompañado por toda la familia real.

Las santas Partículas fueron trasladadas a la iglesia mayor en la época en que Carlos III expulsó a los Jesuitas de España.

En 1936 las Hostias milagrosas fueron prudentemente escondidas por unos sacerdotes, que poco después serían asesinados por los revolucionarios comunistas que incendiaron la iglesia.

Hasta hoy no se ha logrado encontrar el lugar del escondite a pesar de que se han realizado muchas investigaciones en la iglesia como en la cripta.

Un erudito biógrafo de la ciudad, don Anselmo Raymundo Tornero, ha escrito un volumen con la descripción minuciosa de los datos históricos del Milagro.